Biodégradations et métabolismes

La difficulté est vite apparue de trouver les limites entre les données de base et les rappels jugés indispensables. Aussi a-t-on ajouté à la fin des quatorze chapitres un glossaire assez volumineux pour accompagner les rubriques traitées, en rappelant les définitions et propriétés essentielles. On peut estimer néanmoins que cet ouvrage ne conviendra qu'aux étudiants ayant l'expérience d'au moins trois années de cursus universitaire avec un bagage de biochimie et de microbiologie. Par contre les connaissances de chimie requises restent simples et le programme du Premier Cycle suffira généralement. Le but est de créer un outil utile pour les différents spécialistes intéressés par la défense de l'environnement et les biodégradations, afin de leur permettre de se documenter rapidement sur des sujets qui sortent un peu de leur domaine habituel. L'idéal serait évidemment d'apporter des idées qui pourraient enrichir leur travail. On a donc pris soin d'apporter une bibliographie assez abondante, arrêtée sauf quelques exceptions à la fin 2002, et il a fallu naturellement effectuer des choix assez arbitraires. La facilité d'accès à Internet et aux grandes bases de données fait que les informations peuvent être rapidement collectées ou retrouvées, notamment par Medline. On a donc privilégié les références trouvées dans les journaux dont on peut se procurer en un temps très court le contenu des articles en ligne. Il a paru inutile d'introduire des adresses de sites Internet, parfois volatiles, que chacun peut se procurer en toute liberté avec les moteurs de recherche du type Google.

L'intervention des bactéries dans les biodégradations a été privilégiée, parce qu'elle est en général à la fois essentielle et bien documentée. Ce choix comporte une part d'arbitraire, puisque les champignons, levures et autres ensembles d'acteurs apportent leur part. Il y a donc été fait parfois allusion dans plusieurs rubriques où cela était indispensable.

Comment les bactéries éliminent-elles les déchets de l'activité humaine ? Le thème de ce livre est la biochimie du nettoyage de l'environnement qu'elles effectuent. Le problème est replacé dans le cadre des grands cycles naturels. Ils nous aident à mieux comprendre comment les procédés mis en jeu dans le recyclage des substances naturelles ont été adaptés et mis au service de l'élimination des composés artificiels, c'est-à-dire la bioremédiation.

L'accumulation de rejets de toutes sortes dans l'environnement est devenue un sujet de préoccupation majeure depuis plusieurs décennies. Elle a donné lieu à une forte prise de conscience dans les pays développés qui en sont les premiers responsables. La course pourrait sembler perdue d'avance au vu de la formidable progression des activités industrielles, de la consommation et du développement de l'agriculture intensive. La pollution va des emballages aux produits chimiques utilisés comme pesticides et herbicides, en passant par les nitrates, les hydrocarbures et les métaux lourds. Les micro-organismes contribuent largement à les détruire ou à les neutraliser malgré leurs limites. Tous les êtres vivants participent à des degrés divers au recyclage des matières organiques et minérales de l'environnement. Par leur aptitude à coloniser tous les milieux, les micro-organismes viennent au premier rang. Bactéries, champignons, microalgues et protistes forment une gigantesque usine chimique planétaire dont les produits se propagent tout au long des chaînes nutritionnelles. Un premier choix a été de ne considérer majoritairement que les bactéries, ou plus exactement les procaryotes en général, c'est-à-dire les protéobactéries ou bactéries au sens strict, les cyanobactéries et les archaebactéries. Pourquoi cette limitation ? Les procaryotes sont presque toujours en première ligne. Ce sont les organismes les plus simples dont on connaît plutôt bien la machinerie métabolique et assez souvent la génétique. Les mécanismes régulateurs sont moins complexes que chez les eucaryotes mais peuvent mettre en jeu un bouleversement de l'expression de nombreux gènes qui n'est pas sans rappeler les différenciations cellulaires des organismes plus évolués. La présence des procaryotes est universelle et leur participation aux grands cycles naturels est essentielle. Parmi les bactéries du sol se trouvent les actinomycètes aux potentialités particulièrement riches et complexes qui excellent en même temps dans l'art de faire des antibiotiques. L'extrême versatilité de tous ces organismes et leur faculté d'adaptation en font des acteurs très actifs dans la lutte contre les pollutions. Ce livre en est une première approche.